La funció dels grups protectors és aïllar grups funcionals específics durant el procés de síntesi, protegint-los de les interferències i només eliminant els grups protectors després de completar reaccions específiques per restaurar l'activitat de la molècula diana. El procés d'eliminació de grups protectors sol requerir condicions suaus per evitar danyar la molècula diana. Per exemple, el mètode per eliminar el ROH dels alcohols protegits sol ser produir èters (ROR') o èsters (ROCOR'), i després hidrolitzar-los o acidificar-los en condicions adequades.
En resum, el paper dels grups protectors en la síntesi de PNA és crucial, ja que assegura una síntesi eficient de molècules complexes, evita reaccions no diana i es pot eliminar selectivament quan sigui necessari per obtenir productes de PNA purificats.